乙肝病毒標志物陰性或乙肝表面抗體與乙肝核心抗體陽性，血清中可檢測到低水平乙肝病毒DNA或肝組織檢測出乙肝表面抗原或乙肝核心抗原稱隱匿性乙肝病毒感染。
隱匿性乙肝病毒感染的機制為：
乙肝病毒S區(qū)域突變
在乙肝病毒s區(qū)域的124～147氨基酸序列包含“α”決定子和包含應答乙肝表面抗體顯性B細胞抗原簇。單個氨基酸在這個區(qū)域的替換間接破壞乙肝表面抗體的循環(huán)產生，導致在接種疫苗或隱匿性乙肝病毒感染后發(fā)生變異性感染。
乙肝病毒整合
乙肝病毒DNA序列整合在急慢性乙肝病毒感染的細胞染色體DNA中，乙肝病毒DNA整合可能導致病毒DNA序列的重排，這導致了乙肝表面抗原表達的改變和乙肝表面抗原陰性感染。
外周血單個核細胞乙肝病毒感染
在急性和慢性乙肝病毒感染者外周血單個核細胞中出現乙肝病毒DNA的頻率很高，包括T細胞和B細胞等單個核細胞，乙肝表面抗原陰性患者的外周血單個核細胞乙肝病毒感染的確立支持外周血單個核細胞可能是乙肝病毒持續(xù)存在的病毒庫假說。
乙肝病毒免疫復合物
在急性肝炎早期，乙肝病毒可以自由和免疫復合物形式存在。而后在乙肝表面抗原轉向乙肝表面抗原后就轉化為免疫復合物為主，這表明血清中的乙肝病毒DNA與乙肝表面抗體形式的免疫復合物可能會促成隱匿性乙肝病毒感染發(fā)生。
宿主的免疫反應和病毒干擾
機體免疫功能低下或免疫耐受狀態(tài)下，可能無法清除低水平的病毒而出現隱匿性乙肝病毒感染。
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