影響癲癇預(yù)后及復(fù)發(fā)還有一個(gè)的重要因素，即病因。有明確病因的遲發(fā)癥狀性發(fā)作比未發(fā)現(xiàn)病因的發(fā)作更容易復(fù)發(fā)。但部分學(xué)者認(rèn)為，病因?qū)W對(duì)預(yù)后的意義有限，病因明確或不明確與預(yù)后之間無(wú)明顯關(guān)系。

（1）腦外傷引發(fā)的癲癇中，較輕的頭部外傷后數(shù)分鐘內(nèi)只出現(xiàn)一次癲癇發(fā)作，以后不再發(fā)作的癲癇預(yù)后最佳。外傷后只發(fā)作幾次的病人，預(yù)后良好。嚴(yán)重的腦外傷（顱內(nèi)出血，腦挫傷，硬膜撕裂，記憶或意識(shí)喪失超過24小時(shí)）的癥狀性癲癇預(yù)后不佳。由火器穿通傷引起的癲癇是復(fù)發(fā)危險(xiǎn)性最高的外傷后癲癇。

（2）腦炎的急性期常伴有不同程度的癲癇發(fā)作，部分腦炎病人痊愈后也可出現(xiàn)癲癇發(fā)作。一般病人服用抗癲癇藥物均可控制發(fā)作，預(yù)后比較好。但嚴(yán)重腦炎后遺癥伴有頻繁癲癇發(fā)作者預(yù)后不理想。

（3）良性腦腫瘤如腦膜瘤誘發(fā)的癲癇，如能將原發(fā)灶切除，預(yù)后良好；而潛在惡性的腫瘤如神經(jīng)膠質(zhì)細(xì)胞瘤由于腫瘤本身復(fù)發(fā)率高，癲癇發(fā)作也不易控制。另一方面，即使腫瘤被根除，但由于手術(shù)遺留的瘢痕仍可成為致灶。

（4）腦血管病引起的癲癇的預(yù)后問題，長(zhǎng)期隨訪報(bào)道較少。一般認(rèn)為，晚期發(fā)作者抗癲癇治療較易于控制，約60%的患者可完全緩解，且復(fù)發(fā)率也低。而卒中急性期并發(fā)癲癇對(duì)于患者的生命健康是不利的，特別是頻繁的全身性強(qiáng)直-陣攣性發(fā)作，可因加重腦缺氧、缺血、腦水腫而使原發(fā)病惡化，甚至死亡率增高，如腦梗死急性期出現(xiàn)癲癇可致死亡率增加至30%。

（5）50%～70%的腦囊蟲病人有癲癇發(fā)作，其預(yù)后關(guān)鍵在于抗囊蟲治療。

（6）由于分娩時(shí)或出生后因素致病者，即伴有器質(zhì)性腦損傷，如腦出血、先天性腦發(fā)育不全、大腦癱及精神缺陷等，其預(yù)后不良。某些先天性疾病，如結(jié)節(jié)性硬化癥、腦面血管瘤病、神經(jīng)纖維瘤病等，預(yù)后也差。