目前對于該病許多治療手段只是有助于減輕炎癥和緩解癥狀，并無法達(dá)到完全治愈的目的?？鼓憠A能藥物苯乙哌啶、易蒙停、無氣味的阿片酊或可待因，都有助于緩解病人的腹痛和腹瀉。這些藥物都采用口服，在進(jìn)食前服用效果更好。使用甲基樹脂或車前草制劑有助于使大便成形而預(yù)防肛門受刺激。

常常使用廣譜抗生素。滅滴靈有助于減輕克羅恩病的癥狀，尤其是當(dāng)病變累及大腸或引起肛門周圍膿腫和瘺管時。但長期使用滅滴靈可能造成神經(jīng)損害，引起雙上下肢的針刺樣感。通常在停藥后，這種副作用會消失，但又常常使克羅恩病復(fù)發(fā)。

水楊酸偶氮磺胺吡啶及其相關(guān)藥物能控制輕度的炎癥，尤其是對大腸的炎癥，但這些藥物對急性、嚴(yán)重發(fā)作者治療效果較差。

皮質(zhì)類固醇如強(qiáng)的松，可有效減輕發(fā)熱和腹瀉，緩解腹痛和壓痛，增進(jìn)食欲和改善身體一般狀況。但是，長期使用皮質(zhì)類固醇無例外地都會引起較嚴(yán)重的副作用。通常，應(yīng)用大劑量緩解急性或重度的炎癥和癥狀后，就應(yīng)減小劑量，并盡早停用。

某些藥物，如硫唑嘌呤和巰嘌呤，能調(diào)整病人免疫系統(tǒng)的反應(yīng)，用于對其他藥物無效的病人，或作為維持緩解的長期用藥。這些藥物能顯著改善病人的全身情況，減少皮質(zhì)類固醇的需要量，并常常能治愈瘺管。但這些藥物常需用藥3～6個月以上才能產(chǎn)生療效，而且有潛在的嚴(yán)重副作用。因此，用藥期間必須嚴(yán)密監(jiān)視有無過敏、胰腺炎和白細(xì)胞減少發(fā)生。配方飲食將每一種營養(yǎng)成分準(zhǔn)確測量后配制成要素飲食，至少可短期內(nèi)改善腸梗阻或瘺管的病情，也有助于兒童患者更好地生長發(fā)育。在手術(shù)前或手術(shù)后可試用這種飲食，或?qū)⑦@種飲食作為手術(shù)治療的輔助治療手段。偶爾，需要用全胃腸外營養(yǎng)，即從靜脈輸入高濃度營養(yǎng)物質(zhì)，以補(bǔ)償克羅恩病造成的吸收不良。

發(fā)生腸梗阻或膿腫、瘺管不愈，也可能需要手術(shù)治療。手術(shù)切除病變腸段可緩解癥狀，但不能治愈本病。炎癥大多在腸段連接處復(fù)發(fā)。大約一半的病人需要作第二次手術(shù)。最后，外科手術(shù)僅限于某些特殊并發(fā)癥者，或藥物治療失敗者。大多數(shù)經(jīng)手術(shù)治療的病人認(rèn)為其生存質(zhì)量優(yōu)于手術(shù)前。

一般說來，克羅恩病不會縮短病人的壽命，但是，一些長病程的克羅恩病患者可死于消化道癌。