克羅恩病起病大多隱匿、緩漸，從發(fā)病早期癥狀出現(xiàn)(如腹部隱痛或間歇性腹瀉)至確診往往需數(shù)月至數(shù)年。病程呈慢性，長短不等的活動期與緩解期交替，有終生復發(fā)傾向。少數(shù)急性起病，可表現(xiàn)為急腹癥，酷似急性闌尾炎或急性腸梗阻。腹痛、腹瀉和體重下降三大癥狀是本病的主要臨床表現(xiàn)。但本病的臨床表現(xiàn)復雜多變，這與臨床類型、病變部位、病期及并發(fā)癥有關。其消化系統(tǒng)表現(xiàn)有：

1.腹痛為最常見癥狀。多位于右下腹或臍周，間歇性發(fā)作，常為痙攣性陣痛伴腹鳴。常于進餐后加重，排便或肛門排氣后緩解。腹痛的發(fā)生可能與進餐引起胃腸反射或腸內(nèi)容物通過炎癥、狹窄腸段，引起局部腸痙攣有關。體檢常有腹部壓痛，部位多在右下腹。腹痛亦可由部分或完全性腸梗阻引起，此時伴有腸梗阻癥狀。出現(xiàn)持續(xù)性腹痛和明顯壓痛，提示炎癥波及腹膜或腹腔內(nèi)膿腫形成。全腹劇痛和腹肌緊張，提示病變腸段急性穿孔。

2.腹瀉亦為本病常見癥狀，主要由病變腸段炎癥滲出、蠕動增加及繼發(fā)性吸收不良引起。腹瀉先是間歇發(fā)作，病程后期可轉(zhuǎn)為持續(xù)性。糞便多為糊狀，一般無膿血和黏液。病變涉及下段結(jié)腸或肛門直腸者，可有黏液血便及里急后重。

3.腹部包塊約見午10％～20％患者，由于腸粘連、腸壁增厚、腸系膜淋巴結(jié)腫大、內(nèi)瘺或局部膿腫形成所致。多位于右下腹與臍周。固定的腹塊提示有粘連，多已有內(nèi)瘺形成。

4.瘺管形成是克羅恩病的特征性臨床表現(xiàn)，因透壁性炎性病變穿透腸壁全層至腸外組織或器官而成。瘺分內(nèi)瘺和外瘺，前者可通向其他腸段、腸系膜、膀胱、輸尿管、陰道、腹膜后等處，后者通向腹壁或肛周皮膚。腸段之間內(nèi)瘺形成可致腹瀉加重及營養(yǎng)不良。腸瘺通向的組織與器官因糞便污染可致繼發(fā)性感染。外瘺或通向膀胱、陰道的內(nèi)瘺均可見糞便與氣體排出。

5.肛門周圍病變包括肛門周圍瘺管、膿腫形成及肛裂等病變，見于部分患者，有結(jié)腸受累者較多見。有時這些病變可為本病的首發(fā)或突出的臨床表現(xiàn)。