由于功能性消化不良的發(fā)病機理尚不完全清楚，個體的發(fā)病機制不盡相同。對于不同個體，根據(jù)不同癥狀，采用不同的治療方式，是目前治療功能性消化不良的主要措施。

(一)抑制胃酸分泌藥

包括質子泵抑制劑和H2受體拮抗劑。

一般用于以上腹痛、反酸、燒心為主要癥狀的患者。

(二)促胃腸動力藥

一般適用于于上腹脹、早飽、噯氣為主要癥狀患者。多潘立酮10mg,3次/日，或莫沙必利5-10mg,3次/日，均在餐前15-30分鐘服用，先用兩周?？梢愿纳朴捎谖改c動力障礙的功能性消化不良患者，可以促進胃排空。

(三)根除幽門螺桿菌治療

Hp陽性的功能性消化不良患者，通過根除幽門螺桿菌感染，癥狀緩解率可達87%。美國胃腸病學會提出，鑒于消化性潰瘍的危險性，對于無報警癥狀的年輕患者推薦應用無創(chuàng)傷性的Hp檢測和治療。因此，因此Hp感染的功能性消化不良患者，推薦進行抗幽門螺桿菌治療，但是治療前需要向患者解釋治療的獲益和風險，解釋其療效、不良反應及治療價值后，醫(yī)患協(xié)商共同決定治療。

(四)抗抑郁藥

精神藥物可以用于治療頑固性功能性消化不良。常用的藥物有三環(huán)類和5-HT再攝取抑制劑(SSRI)如百憂解、賽樂特等。研究發(fā)現(xiàn)，抗抑郁治療可以明顯改善部分頑固性功能性消化不良患者的臨床癥狀，其機制可能是通過改變患者胃的機械感覺閾值和睡眠來完成的。抑郁如阿米替林;新的珍有選擇性抑制5-羥色胺再攝取的抗抑郁藥如帕羅西汀等，宜從小劑量開始，注意藥物的不良反應。

(五)胃腸動力和感覺調節(jié)劑

5-HT4受體激動劑替加色羅(澤馬可)已經(jīng)用于治療便秘型的腸易激綜合癥。替加色羅可以增強腸道的動力，同時對感覺高敏的腸道引起的腹脹、腹痛等癥狀有效。因而，可改善功能性消化不良患者的上腹脹、早飽等癥狀，但是近來發(fā)現(xiàn)其有嚴重的不良反應，限制在臨床的應用。

(六)內臟鎮(zhèn)痛藥

內臟鎮(zhèn)痛藥可以緩解因來源于胃十二指腸感覺傳入異常導致的消化不良癥狀。國外研究資料表明，內臟鎮(zhèn)痛藥Fedotozine作為胃腸道傳入神經(jīng)元的末梢k受體的激動劑，可以顯著改善上腹痛和惡心癥狀，總體癥狀積分明顯改善。

5-HT3受體拮抗劑可用于動力障礙型的功能性消化不良，恩丹西隆可以明顯改善餐后不適、飽脹和燒心等上消化道癥狀，目前認為可以用于治療功能性消化不良。

奧曲肽是一種長效的生長激素的類似物。在健康人，可以誘發(fā)十二指腸的MMCIII期的運動，認為其具有促動力作用和減低內臟感覺作用。

可用黏膜保護劑，如氫氧化鋁凝膠、鉍劑、硫糖鋁、麥滋林-S等。