如果懷疑自己已經染上了灰指甲，但是反復進行直接鏡檢法和培養(yǎng)法均為陰性時，可以采用甲標本的組織病理學檢查，提高診斷率。另外，有時真菌僅附著于甲床上，沒有侵入性的，而培養(yǎng)時可為陽性，但有可能實際上是假陽性，用組織病理學檢查就可以了解真菌是否真的有致病性。
1.PAS染色法
采用不累及甲床的方法獲取甲標本，如用鑷子或者甲鉗子獲得部分病甲或全部病甲甲板。然后將標本置于4%的福爾馬林溶液內，然后置于含氯化汞、硝酸、鉻酸、95%乙醇及水的溶液中浸泡2天進行軟化，分別在70%乙醇、95%乙醇、二甲苯液中洗3小時，或者標本置于10%吐溫40溶液中浸泡一整夜進行軟化，然后用石蠟包埋后切片，采用PAS染色。在40×的高倍鏡下觀察，可以清楚的看見紫紅色真菌的形態(tài)即菌絲和孢子。
2.電子顯微鏡觀察
本方法目前不作為灰指甲檢查的常規(guī)方法，對于臨床上認為是灰指甲，但是采用常規(guī)方法未能檢測出真菌的，可以使用電子顯微鏡觀察。結果顯示電子顯微鏡可以大大地提高甲真菌病的診斷率，還可以觀察真菌的侵襲情況。
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