先天性肛門閉鎖不會影響生殖系統。因為先天性肛門閉鎖只是因為嬰兒在發(fā)育的過程中,原始肛由于發(fā)育異常,未形成肛管,所以直腸不能通過肛門排便。但是這個畸形是不會影響到生殖系統的,對患兒的生殖器官的生長發(fā)育都沒有明顯的影響。也有部分家長擔心患兒手術之后會對生殖系統有影響,也確實有部分患兒手術之后,可能會出現陰道直腸瘺等手術并發(fā)癥。但是目前先天性肛門閉鎖的手術比較成熟,如果在正規(guī)的大醫(yī)院做這種手術,手術之后患兒一般都是可以痊愈的,出現這種并發(fā)癥的可能性是很小的。