巧克力囊腫手術有可能會影響卵巢功能,但是隨著時間的推移,卵巢功能可能會逐漸地恢復,也有可能會造成不可逆的損傷,引起卵巢功能衰退,甚至導致卵巢早衰。因為巧克力囊腫是由于子宮內膜異位到卵巢上周期性出血而引起的,大多數(shù)會引起盆腔微環(huán)境的改變,會與周圍的組織形成粘連。卵巢表面會發(fā)生實質病變,會導致排卵障礙,會引起黃體功能不足,可能在手術前就已經存在卵巢功能的損害。巧克力囊腫手術的過程中,是將囊壁剝除,但是也可能會造成卵巢皮質的損傷,尤其是一些電損傷,這樣就會影響卵巢的功能,導致術后月經異常。