雖然控制排斥的藥物有很多，但是，肺移植的免疫治療方案多從腎移植及心臟移植的研究中轉(zhuǎn)化而來。絕大多數(shù)患者在移植術(shù)的存活期內(nèi)都會應(yīng)用三聯(lián)療法，即環(huán)孢素A+硫唑嘌呤（驍悉）+激素；或者FK506+硫唑嘌呤（驍悉）+激素。
而肺移植基本的免疫抑制藥物一般為環(huán)孢素或FK506（他克莫司）。
其中，環(huán)孢素可謂是革命性的實體器官移植藥物，它通過干擾幾種T細胞因子的轉(zhuǎn)錄抑制細胞壁合。抑制細胞因子會導(dǎo)致特異性的及可恢復(fù)的T細胞免疫活性激活。但值得注意的是，化學(xué)藥物都會有不同的毒副反應(yīng)，環(huán)孢素也不例外。其毒性作用主要包括：腎毒性、髙血壓、神經(jīng)毒性、多毛癥、齒齦增生及肝毒性。
而FK506（他克莫司）的藥理作用環(huán)抱索相類似，都是通過抑制T細胞活化來抑制細胞介導(dǎo)的免疫反應(yīng)。
但它與環(huán)素結(jié)合的不是同一種免疫因子。FK結(jié)合蛋白復(fù)合物抑制白介素2及其他細胞子釋放。
FK506同樣具有毒副反應(yīng)，它的不良反應(yīng)與環(huán)孢素類似，包括腎毒性、髙血壓及糖尿病
除此以外，對于絕大多數(shù)肺移植患者來說，激素和硫唑嘌呤等也是肺移植患者免疫抑制方案的一部分。
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