巧克力囊腫有兩種治療方法：可采用藥物或手術(shù)治療（保守性或根治性）。迄今為止，除根治性手術(shù)外，尚無一種理想的根治方法。無論是藥物治療抑或保守性乎術(shù)均有相當(dāng)高的復(fù)發(fā)率。應(yīng)根據(jù)患者年齡、癥狀、體征、病變范圍以及對生育要求、患者的主觀愿望等因素加以選擇，強(qiáng)調(diào)個體化治療。主張選對藥物積極治療并結(jié)合密切隨訪復(fù)查，注意卵巢囊腫的性質(zhì)變化，再采取相應(yīng)的對策。癥狀輕或無癥狀的輕微病變選用期待治療;有生育要求的輕度患者明確診斷后先行藥物治療，病情重者行保留生育功能手術(shù);年輕但無生育要求的重癥患者可行保留卵巢功能手術(shù)，并輔以藥物治療;癥狀及病變均嚴(yán)重的無生育要求患者可行根治性手術(shù)。首先藥物治療也就是保守治療，通常是采用性激素進(jìn)行治療，前面提到是跟隨月經(jīng)的周期性，故而原理就是拒"老朋友"于千里之外，通過抑制雌激素合成，使得異位的內(nèi)膜出現(xiàn)萎縮。

如果病癥不大的話，此方法還是可以試一試。手術(shù)方式有開腹手術(shù)和經(jīng)腹腔鏡手術(shù)兩種。腹腔鏡手術(shù)是本病最佳的處理方法。目前認(rèn)為以腹腔鏡確診、手術(shù)+藥物為內(nèi)異癥治療的金標(biāo)準(zhǔn)。有條件的醫(yī)院，腹腔鏡手術(shù)應(yīng)為內(nèi)異癥的首選治療方法。但腹腔鏡手術(shù)的選擇及效果在很大程度取決于設(shè)備、器械和手術(shù)者的經(jīng)驗(yàn)及技巧。開腹手術(shù)可用于腹腔鏡條件不具備或非常復(fù)雜的手術(shù)，如嚴(yán)重粘連和有多次手術(shù)史者巧克力囊腫用手術(shù)治療是當(dāng)前行之有效的方法，視病情等具體情況采用治療方案。對于育齡期的女性，一旦發(fā)現(xiàn)巧囊后，微創(chuàng)手術(shù)治療是首選，因?yàn)檫@不但可以消除病灶，增加受孕機(jī)會，還能減少惡變率。而絕經(jīng)后的患者，宜選擇根治性手術(shù)。巧克力囊腫發(fā)現(xiàn)后不能忽視，早點(diǎn)治療，及時就醫(yī)。