少數肛周膿腫用抗生素，熱水坐浴及局部理療等可以消散，但多數需要手術治療，手術有兩種方式。
(一)單純性膿腫的治療
可在截石位或側臥下，用局麻或腰麻，在膿腫部位做放射狀切口，放出膿液后，伸入食指探查膿腔大小，分開其間隔。必要時將切口邊緣皮膚切開少許，以利引流，最后用凡士林紗條放入膿腔做引流。
(二)膿腔與肛瘺相通的膿腫
可在切開膿腫后，用探針仔細檢查內口，然后切開瘺管，適當切除皮膚和皮下組織，內口周圍組織也稍加切除，使引流通暢。
如內口較深，瘺管通過肛管括約肌，可采用掛線療法。以上手術優(yōu)點是膿腫一期治愈，不再形成肛瘺。但在急性炎癥中，找內口有困難時，不應盲目尋找，以免炎癥蔓延或形成假道，僅做切開排膿，待形成肛瘺后，再做肛瘺手術。二期手術優(yōu)點是效果準確，治愈率高。
值得注意的是，文獻報告肛門周圍膿腫單純切開引流治療也有些不再復發(fā)，如Hanley(1978)報道35％～40％無復發(fā)。Scoma(1974)34％無復發(fā)。
Vasilevsky(1984)103例肛門直腸膿腫切開引流治療，隨訪1月至9年，括約肌間膿腫無復發(fā)，83例肛門周圍膿腫及9例坐骨直腸窩膿腫，11％發(fā)生復發(fā)膿腫，37％形成肛瘺。因此，一期手術不應作為常規(guī)手術，以免影響肛門功能。
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