生殖器疣的手術(shù)方法有很多種，包括電燒，剪切術(shù)，刮除和激光治療。只要謹慎操作，簡單的手術(shù)就能清除疣體，使患者非常滿意。

外科手術(shù)可作為首選，大部分患者可在局麻下進行。建議浸潤麻醉前常規(guī)使用局麻乳膏，能明顯減少注射時的不適。使用100mg利多卡因即能使組織快速浸潤麻醉。亦可輔助應(yīng)用腎上腺素以減少出血，但陰莖和陰蒂禁用，最好不要選擇復(fù)方制劑，以防意外發(fā)生。

常用的有高頻電燒、剪切術(shù)、刮除術(shù)和激光手術(shù)等，當皮損較少時，適合剪切術(shù)，術(shù)后輔以電燒控制出血，并破壞殘余的疣體。據(jù)報道，高頻電燒和剪切術(shù)清除率分別為94%～100%和89%～100%，復(fù)發(fā)率為19%～29%。若疣體數(shù)量少，則刮除術(shù)是一種簡單有效的治療方法，術(shù)中可以用電燒或硝酸銀止血。二氧化碳和YAG激光亦可用于較小的疣體。但無論是高頻電療還是激光手術(shù)，操作時均應(yīng)戴口罩，使用排煙裝置。成形手術(shù)作為最低級別的推薦方法，對于巨大疣、廣泛疣、肛周疣或肛內(nèi)疣、兒童特殊疣體是一種最簡便的方法，需在全麻下由外科醫(yī)生執(zhí)行。

有研究數(shù)據(jù)顯示，只有外科治療初期清除率接近100%，其他所有療法均會復(fù)發(fā)。復(fù)發(fā)率>20%～30%。所有治療方法均會伴隨瘙癢、燒灼感、糜爛和疼痛等局部皮膚反應(yīng)。