根管治療后咬合痛是否會自愈無法確定，有可能會自愈，有可能不會自愈，需要根據導致咬合痛的原因以及根管治療的效果來進行分析。具體分析如下：

1、會自愈：根管治療主要用于急性牙髓炎以及牙根尖炎，可以將牙髓腔內的化膿和壞死組織清除，徹底沖洗干凈，然后進行填充。而咬合痛通常和這兩種疾病有密切的關系，疾病痊愈后，腫脹和疼痛的感覺也會隨之消失。

2、不會自愈：如果根管治療不徹底，或者在治療后沒有注意對口腔和牙齒的清潔和護理，牙髓腔或者牙根尖反復發(fā)炎，那么就還會繼續(xù)出現咬合痛，即不會自愈，還有可能會加重，甚至伴有其他的癥狀，如張口困難、無法咀嚼食物等。另外，咬合痛也有可能是其他原因導致的，如牙齒畸形，這種情況即使做根管治療也無法好轉。

根管治療需要去正規(guī)醫(yī)療機構的口腔科，由專業(yè)的醫(yī)師進行，如果治療后還是有咬合痛，則要去醫(yī)院進行復查以明確原因。